감사원, 조세감면실태보고서… “국세청 관리 부실”
[중소기업투데이 김영욱 기자] 국세청이 창업중소기업 등에 대한 세액감면 관리를 철저하게 하지 않아 41개 법인, 개인사업자 46명 등에 세금 47억여원을 부당하게 감면해주고도 이를 인지하지 못한 것으로 감사원 감사 결과 드러났다.
감사원은 이같은 내용 등을 담은 ‘조세감면제도 운용실태’ 보고서를 지난달 25일 공개했다.
이번 감사는 조세감면제도 운용실태를 점검해 실효성 있는 관리·통제방안을 마련하기 위해 실시됐다. 기획재정부와 국세청 본청, 서울지방국세청 등 6개 지방국세청을 대상으로 감사한 결과 총 24건의 위법·부당사항이 적발됐다.
감사원에 따르면 국세청은 ‘창업중소기업 등에 대한 세액감면’의 사후관리를 하고 있다. 그러나 감면기간(4년)이 지나 감면받을 수 없는 23개 법인, 개인사업자 46명 등이 29억여원을, 신설법인이 대표이사의 폐업한 기존 개인사업과 같은 사업을 영위해 감면받을 수 없는 18개 법인이 3억여원을, 감면대상 업종에 해당하지 않아 감면받을 수 없는 1개 법인이 15억여원을 각각 부당하게 감면받았는데도 이를 점검하지 않은 것으로 확인됐다.
이에 감사원은 일선 세무서에 대한 지도·감독을 철저히 하고 부족 징수된 법인세·종합소득세에 대한 징수방안을 마련하라고 국세청장에 통보했다.
또 대구지방국세청이 석·박사 관련 연구개발비 세액공제는 최저한세 적용대상인데도 A주식회사가 이월된 세액공제 62억여원에 대해 최저한세를 적용하지 않아 법인세 79억여원이 과소 납부됐는데도 점검하지 않은 사례도 발견됐다. 감사원은 이에 대해서도 부족징수액에 대한 징수방안 마련을 촉구했다.
감사원은 아울러 기획재정부의 조세지출 평가관리가 부적정하다고 지적했다.기재부는 2012년부터 소관부처가 자율평가한 조세지출평가서를 한국조세재정연구원이 확인·점검하도록 하는 조세지출 평가제도를 운용하고 있다.
그러나 2013~2016년 부처의 자율평가 점수(평균 87.4점)와 조세연의 확인·점검 점수(평균 41.6점) 간에 차이가 큰 데도 이에 대한 원인을 분석하지 않고 조세연의 확인·점검 결과를 평가서에 반영하지 않은 것으로 드러났다. 이에 감사원은 평가제도의 실효성이 미흡하다고 판단, 보완방안 마련을 주문했다.